Den Mittelpunkt des Ortsteils Kurzenaltheim bildet die Kirche St. Margaretha. An ihrer Stelle stand in vorromanischer Zeit eine hölzerne Friedhofskapelle. Der gotische Baustil von Turm und Sakristei der Kirche lassen darauf schließen, dass ihre Entstehung auf die Zeit zwischen 1250 und 1450 zu datieren ist.
Gemäß der heimatkundlichen Literatur begann die Geschichte der St. Margarethenkirche im 15. Jahrhundert. Das Domkapitel Eichstätt hatte das Präsentationsrecht der Pfarrei St. Margaretha, das heißt, es durfte den Pfarrer vorschlagen.

Während der Kirchenrenovierung in den Jahren 1982 bis 1984 unter der Leitung von Pfarrer Werner Bauer wurde der völlig durchfeuchtete und schadhafte Altar abgebrochen. Dabei wurden Reliquien und andere Gegenstände aus den Jahren 1848 und 1849 gefunden.
Direkt an der Kirche ist der ortseigene Friedhof angesiedelt. Die gepflasterten Wege, welche von der Leichenhalle zum Gotteshaus führen, wurden im Sommer 2014 komplett erneuert.