Eine harte Zeit erlebte der Ort im Dreißigjährigen Krieg und dabei insbesondere im Jahr 1633. Am 23. Mai dieses Jahres wurde er von den Tyllischen Truppen besetzt, die aus Bayern und Kroaten bestanden. Sie wüteten im Dorf, plünderten Häuser. Bei ihrem Abzug verschleppten sie Pfarrer Johann Lacher, der sich erst nach einiger Zeit befreien und in die Gemeinde zurückkehren konnte.

Nur eine Woche später kamen von Weißenburg her die Schweden nach Meinheim und überfielen das Dorf. Sie gingen kaum anders mit den Bewohnern um wie zuvor die Tyllischen Leute. Immer wieder mussten sich Meinheimer in den nahen Wäldern verstecken.

Als der Dreißigjährige Krieg zu Ende ging, standen in Meinheim wie auch in vielen anderen Orten zahlreiche Höfe leer. Sie wurden großteils von österreichischen Exulanten erworben, die im Alpenland vor der Gegenreformation flüchten mussten.