Die ersten Relikte in Meinheim reichen bis in die Römerzeit zurück. So wurde ein römischer Ring gefunden, ebenso kann eine Römerstraße und eine "villa rustica" nachgewiesen werden.

Mit dem Früh- und Hochmittelalter werden die Spuren nach und nach deutlicher. Die heutige Wunibaldkirche geht auf den angelsächsischen Missionar Wunibald zurück, der mit seinem Bruder Willibald im 8. Jahrhundert in die Gegend kam.
Urkundlich wird Meinheim erstmals 1154 bis 1155 erwähnt. Der erste namentlich genannte Bürger war Otto von Meinheim. Ende des 14. Jahrhunderts war hier Wyrich von Treuchtlingen begütert, im ausgehenden 15. Jahrhundert Sigmund von Holzingen. Deren Besitze gingen nach und nach auf die Markgrafen von Ansbach über, die somit über das Dorf herrschten.

Die Pfarrei von Meinheim ist sehr alt und war im 14. Jahrhundert jeweils etwa hälftig dem Domkapitel von Eichstätt und dem Kloster von Heidenheim gegenüber abgabenpflichtig.